1000工资，扣除600多只发400算违法吗？

法律分析：如果是所谓的扣除员工工资的百分之二十集中发放,就是违法的。但如果在劳动者因本人原因造成用人单位经济损失的，用人单位可以扣发劳动者工资，但不得超过当月工资的20%。法律依据：《中华人民共和国劳动法》 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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法律分析：要看扣除的理由是否合理合法，如果单纯从扣款的数目上来说，只要扣款以后你拿到手的基本工资，不低于当地最低工资标准就不算违反劳动法。如果作为劳动者，只要公司的规章制度符合法律法规中规定的，不违背国家的法律法规，在公司里面违犯公司的规章制度，公司有权对劳动者进行处罚，但罚款额不得超过当月工资的20％，如公司规章制度中规定某一项只能扣款20元，而公司扣了你20％的工资，那就不合法了。法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条第二款规定，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人500元-2000元以下罚款。给劳动者造成损害的，还应当承担赔偿责任。二、在劳动期限内，未足额支付报酬，安排加班未支付加班费得，低于当地最低工资标准的、解除劳动合同没有支付经济补偿金的，根据劳动合同法第85条责令用人单位支付应付金额的50-100%的标准向劳动者加付赔偿金。三、劳动者造成企业的损失，每月从劳动者工资中扣除的金额不得超过当月工资的20%。
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可以申请劳动仲裁